HyperChem

Tutorial Menggambar Struktur Molekul dengan HyperChem

LembayungSenja : 25 Desember 2016 4:21 am : HyperChem

TUTORIAL MENGGUNAKAN HYPERCHEM

Pengenalan tentang HyperChem

Apa itu HyperChem?

HyperChemÒ ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memung-kinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:

  1. Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
  2. Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
  3. Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)
  4. Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
  5. Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
  6. Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.

Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.

  1. Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.
  2. Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
  3. Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.

 

Bagi teman-teman yang belum memiliki software HyperChem dan ingin memilikinya, kalian dapat mengunduhnya di link berikut : HyperChem.v8.0.8.rar

Nah berikut merupakan tutorial  menggambar molekul PCl5 menggunakan Software Hyperchem.

  1. Dengan menggunakan Windows, kita mulai dari klik Start, All Program, Hyperchem Release x, Hyperchem 

1

2. Selanjutnya ikuti langkah pada gambar berikut.

2

3. Ini hasilnya setelah dipilih Atom P dan di-klik-kan pada area kerja.

3

4. Berikutnya add hidrogen dari menu Build kemudian klik Add hidrogenuntuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya bertumpuk kita bisa memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai langkah yang terterah pada gambar. Cara menyeleksi atom H yang akan diganti dengan Cl adalah dengan klik tool select hingga berubah warna.

4

5. Selanjutnya ubah atom H dengan atom Cl hingga atom H menjadi Cl, caranya klik  menuBuild, Default Element(akan muncul semacam tabel periodik dan pilih Cl), klik-kan tepat di tengah bulatan seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl artinya sudah terganti H menjadi Cl. Lakukan pada semua H sebagaimana yang diinginkan.

5

6. Lakukan optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya di sini saya gunakan metode Molecular Mechanic. Klik menu Setuppada menu bar. Klik Molecular Mechanichingga tercentang terus klik.

7. Selanjutnya kita lakukan optimasi geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menuCompute, Klik Geometry Optimation…dan klik Ok saja begitu menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak dibagian bawah layar kerja Hyperchem.

6

8. Berikut kalau kita ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menu Display, Rendering,pilih metode rendering yang kita inginkan.

8

9. Berikut tampilan beberapa hasil rendering:

Stick

9

Tube

9a

Untuk lebih jelasnya dapat teman-teman lihat video tutorialnya berikut ini.

terimaksih sudah menggunjungi blog saya^^

Mohon berikan kritik, saran dan komentar pada kolom komentar yang tersedia.

3 Comments »
« Page 1 »

Tinggalkan Balasan

Alamat surel Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *